まぁ、JS ヘルパーを使うことによって、jQuery の記述を分離する必要がなくなるのは利点といえば利点。
でもそれ以上の不利もある。

• 繰り返しロジックの中で JS ヘルパーを使うと、そのたびにスクリプトが生成されることになり、これはコードの無駄な冗長に繋がる。
• ビューの HTML の中の PHP 記述の更に内側に javascript（jQuery）記述が割り込んでくるので、これがわかりにくい
• ヘルパーで自動生成される javascript（jQuery）記述ががわかりにくい。

まぁ JS ヘルパーに限らず、全体的にヘルパーというのは、使用した際に最終的にどのような HTML になるかを少なからず想像しなくてはならないものなのだが、JS ヘルパーはその想像が難しい。
しかも CakePHP 御大が提供しているドキュメントがウンコで、とても判りにくい。結局、JS ヘルパーの場合、ヘルパーのコアソースを追うのが一番早かった。
あと、Ajax ヘルパー（prototype.js）のように、jQuery の経年による陳腐化した際の仕様変更や廃止も怖い。

こうなると javascript（jQuery）は、ヘルパーを使わずに普通に記述したほうがよいのかもしれない。

でも、JS ヘルパーを利用することにより、ソースコーディング量が減るもの事実。
実際 javascript（jQuery）を記述するよりも、ソースコーディングは減った。（結果的に生成される HTML は、javascript（jQuery）を記述するよりも大きいのだが。）